真菌基因組重測序
技術(shù)簡介
真菌基因組重測序是對已知的真菌基因組進(jìn)行測序，并對個(gè)體或者群體樣品進(jìn)行分析，能夠分析近源菌種之間的單核苷酸多態(tài)性 (SNPs) 、插入 (Insertion) 、缺失 (Deletion) 、拷貝數(shù)變異 (CNV) 等基因組變異類型。主要應(yīng)用于通過比較基因組分析挖掘動(dòng)植物病原真菌的關(guān)鍵致病因子、挖掘食用及藥用真菌主要功能基因、通過大樣本量的群體分析可得出物種進(jìn)化規(guī)律、地理分布規(guī)律等。
技術(shù)路線
送樣建議
| 濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | 基因組完整性 |
| ≥50 ng/μL | ≥30 μL | ≥1.5 μg | DNA無降解 |
技術(shù)參數(shù)
| 真菌基因組測序 | 測序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 |
300bp小片段文庫HiSeq/NovaSeq PE150 | 30X | 45個(gè)自然日 |
案例分析
基因組重測序技術(shù)揭示木質(zhì)腐生蘑菇遺傳多樣性[1]
研究背景
不同物種數(shù)量變化在于它們擁有的大量的遺傳多樣性。在真核細(xì)菌中普遍存在核酸多樣性以及核酸結(jié)構(gòu)不同的現(xiàn)象。以裂褶菌為例探索核酸多樣性。
研究目的
通過全基因組測序技術(shù)研究裂褶菌核酸多樣性特征。
研究結(jié)果
比較分析 24 個(gè)裂褶菌單倍體基因型 (12 來自美國，12 來自歐洲的俄羅斯)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)在美國同義位點(diǎn)的多樣性為 0.13，在俄羅斯的同義位點(diǎn)的多樣性是 0.20，異常高的核苷酸多樣性水平，也導(dǎo)致蛋白氨基酸水平的多樣性。利用 2 個(gè)母本和 17 個(gè)后代單倍體基因型的全基因組測序顯示突變率是非常高的，達(dá)到了每代每個(gè)堿基的突變率為 2.0×10-8 。高的多樣性是由其突變率升高引起的。
圖1. 裂褶菌基因多態(tài)性類型
參考文獻(xiàn)
[1]. Baranova, M. A. et al. Extraordinary Genetic Diversity in a Wood Decay Mushroom. Mol Biol Evol 32, 2775-2783, doi:10.1093/molbev/msv153 (2015).
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