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質(zhì)譜_SNP檢測(cè)
技術(shù)簡(jiǎn)介
質(zhì)譜SNP分型技術(shù)即是將 PCR 技術(shù)與質(zhì)譜相結(jié)合，利用質(zhì)譜分析對(duì)質(zhì)量靈敏度高的特點(diǎn)，對(duì)待檢SNP實(shí)現(xiàn)高精度分型。
檢測(cè)原理
送樣建議
濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | DNA 片段 |
≥40 ng/μL | ≥20 μL | ≥0.8μg | DNA 無(wú)降解 |
注：SNP位點(diǎn)數(shù)＞50個(gè)，每增加50個(gè)位點(diǎn)，體積增加10uL。
技術(shù)參數(shù)
質(zhì)譜_SNP檢測(cè)（10<SNP位點(diǎn)<30） | 測(cè)序策略 | 反應(yīng)重?cái)?shù) | 周期 | 檢出率 |
Mass ARRAY | 30X | 30個(gè)自然日 | 95% |
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
（1）通量高、速度快：PCR反應(yīng)重?cái)?shù)可達(dá)30重，大大節(jié)省了檢測(cè)時(shí)間；運(yùn)用384板進(jìn)行檢測(cè)，每天最多可實(shí)現(xiàn)多達(dá)50000個(gè)SNP的基因分型高通量篩選。
（2）成本低：質(zhì)譜SNP檢測(cè)對(duì)于大樣本、多位點(diǎn)SNP的檢測(cè)，檢測(cè)成本要遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于Sanger檢測(cè)。
（3）準(zhǔn)確性高：MALDI-TOF平臺(tái)進(jìn)行檢測(cè)檢出率達(dá)95%，準(zhǔn)確率98%以上。
（3）靈活、簡(jiǎn)單：可根據(jù)客戶需求對(duì)SNP位點(diǎn)的檢測(cè)進(jìn)行巧妙組合，MALDI-TOF平臺(tái)能夠自動(dòng)完成多個(gè)實(shí)驗(yàn)環(huán)節(jié)，操作簡(jiǎn)單并且保證了實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可重復(fù)性。
案例分析
基于多重基因分型及質(zhì)譜檢測(cè)疾病候選基因[1]
研究背景
復(fù)雜疾病通常由多種導(dǎo)致疾病易感性的常見遺傳變異支撐。該研究描述了一種成本有效的標(biāo)簽單核苷酸多態(tài)性（SNP）方法，使用多重基因分型測(cè)定與質(zhì)譜，以研究臨床隊(duì)列中的基因途徑關(guān)聯(lián)。
研究方法
研究以食物過(guò)敏候選基因座白細(xì)胞介素13（IL13）為例進(jìn)行了研究。聚合酶鏈反應(yīng)（PCR）用于擴(kuò)增靶基因座，然后是單核苷酸延伸，之后使用基質(zhì)輔助激光解吸/電離-飛行時(shí)間（MALDI-TOF）質(zhì)譜法測(cè)量擴(kuò)增子。使用基因型調(diào)用軟件分析原始輸出，使用嚴(yán)格的質(zhì)量控制定義和截止值，確定高概率基因型并輸出用于數(shù)據(jù)分析。
研究結(jié)果
該方法通過(guò)利用區(qū)域內(nèi)的共享連鎖不平衡（LD）有效地最大化覆蓋，然后將選定的LD SNP進(jìn)行多重測(cè)定，使得可以同時(shí)分析多達(dá)40種不同的SNP，從而提高成本效益。
圖1 IL13 SNP rs1295686的笛卡爾聚類圖
參考文獻(xiàn)
Ashley SE, Meyer BA, Ellis JA, et al. Candidate Gene Testing in Clinical Cohort Studies with Multiplexed Genotyping and Mass Spectrometry[J]. J Vis Exp. 2018, (136).
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